本发明公开了一种降解黄曲霉毒素的发酵剂、其制备方法和应用,属于毒素降解技术领域。本发明降解黄曲霉毒素的发酵剂,是由复合微生物菌剂和增效剂按照4∶1的重量体积比组成;所述复合微生物菌剂是由嗜热链球菌、双歧杆菌、产朊假丝酵母和地衣芽孢杆菌按照1~5∶1~5∶3~8∶3~8重量比混合而成。本发明的发酵剂能够有效降解农作物或农产品中黄曲霉毒素B1,降解产物安全,对动物体不会产生毒害作用。