本发明公开了一种获取谱差异的方法及系统,其方法包括以下步骤:(1)采用测谱设备获取多组背景光谱数据;(2)对获得的背景光谱数据进行去平均处理,得到测谱设备的谱噪声数据;(3)利用获得的谱噪声数据对目标光谱数据进行有效性判别,并将判别出的有效目标光谱数据与背景光谱数据相除得到表征谱差异的比值谱;其系统包括依次相连的数据采集单元、谱噪声数据计算单元、目标光谱数据有效性判别单元和比值谱计算单元;本发明采用比值谱来反映光谱数