本发明公开了一种基于琼脂糖微流控芯片的细菌富集装置及其制作方法,该装置包括贴合的琼脂糖薄层和亲水性薄层,所述琼脂糖薄层为二分树式通道结构,具有多个开放的溶液通道入口和一个用于细胞收集的封闭的通道末端,该装置的制作方法包括两个步骤:(1)包括制作二分树式通道结构的阳膜来制作出琼脂糖薄层;(2)与亲水性薄层基片贴合并且封装从而制作出微流控装置。通过本发明,解决克服现有细菌富集微流控装置效率不高,装置结构复杂的技术问题。