本发明公开了一株对灰霉病菌有抑制作用的洋葱假单胞菌菌株QBA-3及其应用,本发明通过筛选获得的QBA-3其分类命名为洋葱假单胞菌Pseudomonas?cepacia,保藏于中国典型培养物保藏中心,其保藏编号为CCTCC?M2015402。本发明经过对灰霉病菌孢子萌发、芽管伸长和离体叶片的实验,证明本发明获得的菌株QBA-3具有对灰霉病菌的强抑制作用,可以将其制备成防治灰霉病菌的生防制剂,具有良好的市场应用前景。