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西安交大科研人员开发微卫星不稳定性检测新方法,助力肿瘤精准检测
微卫星不稳定性(Microsatellite Instability, 简称MSI)是目前肿瘤临床检测中一种非常重要的分子表型,多发生于结直肠癌、胃癌、和子宫内膜癌。微卫星不稳定性与肿瘤的发生、发展,治疗方案制定及治疗效果预测相关,更是肿瘤免疫治疗疗效预测的重要分子标记物。当前,临床上使用的两种微卫星不稳定性检测的金标准方法:MSI-PCR和MSI-IHC,都需要专业技术人员通过实验操作来完成,均费时费力且成本较高。近年来,随着高通量测序(Next Generation Sequencing)的发展,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方法开始显露头角,在检测结果与两种临床金标准保持高度一致的情况下,极大的缩减了检测时间并减少了检测成本,大幅提高了推广微卫星不稳定性检测的可行性。2014年,西安交大叶凯教授团队率先开发了基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方案——MSIsensor。2017年该检测方案作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的微卫星不稳定性计算方法,通过了美国食品药品监督管理局的严格测试并获得批准。美国纪念斯隆凯特琳癌症中心测试表明,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测与金标准的一致性可达99.4%。然而,微卫星不稳定性检测方案大都要求提供病人的癌症组织样本及一份取自血液或者癌症组织附近的正常样本。一方面,这一份正常对照样本限制了微卫星不稳定性的应用场景,尤其难以应用于血癌样本、福尔马林包埋样本、PDX/PDO等不易获得正常对照样本的情况;另一方面,额外的对照样本增加了微卫星不稳定性的检测成本。基于上述原因,在叶凯指导下,叶凯青年科学家工作室科研人员经过两年的探索,从微卫星不稳定性发生机理出发,通过数学模型抽象,从单个肿瘤样本中提取特征,开发了MSIsensor-pro。MSIsensor-pro实现不依赖正常对照样本的微卫星不稳定性检测,只需50个微卫星位点的测序数据即可实现微卫星不稳定性的精准检测。MSIsensor-pro的开发扩大了微卫星不稳定性的应用范围,减低了微卫星不稳定性检测的成本。同时MSIsensor-pro在低肿瘤纯度和低测序深度这类低信噪比数据中也显示出来很大的潜力。 该研究成果近期发表在国际组学和生物信息学领域权威期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(影响因子6.597)上。叶凯的博士生贾鹏为该论文的第一作者,叶凯为通讯作者,西安交通大学为本文唯一通讯作者单位。这是叶凯教授课题组在基因组暗物质解析方面的又一重要突破。论文链接为:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218
西安交通大学 2021-04-10
一种基于多核处理器的高速印花机图像数据旋转处理系统及方法
本发明公开了一种基于多核处理器的高速印花机图像数据旋转处理系统,包括数据接收设备、数据解析处理设备、数据传输通道和数据输出设备。本发明还公开了一种基于多核处理器的高速印花机图像数据旋转处理方法,其通过以太网接口接收数据,利用处理器的多个核并行处理数据,由FPGA实现数据的输出。相比现有技术,本发明系统及方法能够大大提高数据的旋转效率以及吞吐量,从而实现数码印花机的高效能产出。
浙江大学 2021-04-11
一种基于多核处理器的高速印花机图像数据旋转处理系统及方法
本发明公开了一种基于多核处理器的高速印花机图像数据旋转处理系统,包括数据接收设备、数据解析处理设备、数据传输通道和数据输出设备。本发明还公开了一种基于多核处理器的高速印花机图像数据旋转处理方法,其通过以太网接口接收数据,利用处理器的多个核并行处理数据,由FPGA实现数据的输出。相比现有技术,本发明系统及方法能够大大提高数据的旋转效率以及吞吐量,从而实现数码印花机的高效能产出。
浙江大学 2021-04-11
一种通过scout ESI和CNN解码EEG运动想象四分类任务的新方法
导读东北电力大学和长春理工大学研究团队开发并实现一种结合脑电图源成像(ESI)技术和卷积神经网络(CNN)的新方法,以对运动想象(MI)任务进行分类。ESI技术采用边界元法(BEM)和加权最小范数估计(WMNE)分别解决EEG的正向和逆向问题。然后在运动皮层中创建十个scout来选择感兴趣的区域(ROI)。研究者使用Morlet小波方法从scout的时间序列中提取特征。最后,使用CNN对MI任务进行分类。实验结果:在Physionet数据库上的整体平均准确率达到94.5%,分别对左拳头、右拳头、双拳和双脚的单个准确率达到95.3%、93.3%、93.6%、96%,采用十倍交叉验证进行验证。研究人员表示,他们的研究成果与最先进的MI分类方法的结果相比,总体分类增加了14.4%。研究者为验证方法的有效性,加入了4个新的受试者进行验证,发现总体平均准确率为92.5%。此外,全局分类器适应单一对象,整体平均准确率提高到94.54%。研究者表示,他们提出的结合scout ESI和CNN的方法,提高了脑电解码四类MI任务的BCI性能。系统框架图1 系统框架图系统框架如图1所示。原始数据来自国际10-10系统的64个电极(不包括Nz、F9、F10、FT9、FT10、A1、A2、TP9、TP10、P9和P10电极),并以每秒160个样本的速度采集。根据国际10-10系统从64个通道采集原始脑电图,并使用BCI2000系统进行记录。记录的数据被分为四个独立MI任务包括左拳MI,右拳MI,双拳MI和双脚MI。首先,由于ERD在执行运动想象时在alpha和beta中不同,因此使用FIR滤波器对EEG进行了8 Hz至30 Hz的带通滤波。然后,通过计算包含正问题和逆问题的源,将传感器空间的活动转化为源空间的活动。接下来,创建scout并提取特征。研究者在运动皮层中创建了10个scout,因为我们只关心与运动相关的活动。十个scout中的每一个都代表了可用源空间中的一个感兴趣的区域(ROI),并且是定义在皮层表面或头部体积上的偶极子的子集。左脑的scout称为L1、L2、L3、L4、L5,右脑的scout称为R1、R2、R3、R4、R5。利用JTFA从10个scout的源时间序列中提取特征。最后,利用CNN对时频图进行分离并进行分类。实验在实验中,研究人员仅使用了随机选择的十个受试者的MI trail (S5,S6,S7,S8,S9,S10,S11,S12,S13,S14)。这里用于分析的数据集包含每个受试者84次试验,每一类包含21次试验。在记录64通道脑电图时,受试者执行了不同的运动想象任务。每个受试者针对以下四个任务中的每一个执行了3轮21试验:当目标出现在屏幕左侧时,受试者想象打开和合上相应的拳头,直到目标消失。然后受试者放松。当目标出现在屏幕的右侧时,受试者想象打开和合上相应的拳头,直到目标消失。然后受试者放松。当目标出现在屏幕顶部时,受试者想象打开和合上双手的拳头,直到目标消失。然后受试者放松。当目标出现在屏幕底部时,目标会想象双脚张开和合拢,直到目标消失。然后受试者放松。为了统一数据维数,研究者选择了4s的数据,因为每次想象任务的执行时间都在4s左右。此外,脑电图任务是分开的,研究人员在实验中将左拳,右拳,双拳和双脚MI任务分别称为T1,T2,T3和T4。图2 scout命名左右运动想象的scout分别命名为L1、L2、L3、L4、L5、R1、R2、R3、R4、R5,如图2所示。10个scout每一个都被扩展到40个顶点,每个顶点只有一个源。L1区域对应40个信号,其他scout也一样。在计算了来源后,研究者在运动皮层中创建了十个scout,如图3所示。图3 创建10个scout使用ESI计算十个受试者(S5、S6、S7、S8、S9、S10、S11、S12、S13、S14)每次试验的四个任务(T1、T2、T3、T4)的源。对于这四项任务中的每一项,每个受试者每次都要进行7次测试(#1,#2,#3,#4,#5,#6,#7)。展示了第一个步的10个被试的10个scout的4项任务的来源。然后提取10个scout的时间序列进行进一步分析。特征提取在计算源之后,研究人员在运动皮层中创建了包含40个源的10个scout,并提取了scout的时间序列。如图4所示为提取R5 scout时间序列作为示例。图的右边显示了R5 scout的时间序列。本文利用小波变换从scout时间序列中提取特征。图4 提取R5 scout时间序列作为示例在这项研究中,研究者提出利用CNN来解决运动想象任务分类的问题。该模型基于Schirrmeister等提出的Deep ConvNet架构,该网络模型由一个六层卷积网络组成,其中两个最大池层和三个全连接层,如图5所示。图5对于Physionet数据库,研究者首先采用Deep ConvNet架构,包括四个卷积层、四个最大池层和一个全连接层。在实验中,研究者依据经验使用两个最大池化层。并尝试了不同数量的卷积层和完全连接层。时频图利用Morlet小波方法得到了scout的特征。对于每个任务,R5 scout的时频图如图6所示。包含时间和频率互补的时频分析方法提供了时域和频域的联合分布信息,清晰地描述了信号频率与时间的关系。图6 R5 scout的时频图显然,只有部分时频映射是红色的,表明每个任务只对特定的频率和时间敏感。由于图的数量比较大,研究者使用CNN来选择和学习这些图中最基本的特征。研究人员随机选择了几个样本,并将一些特征图可视化,作为MI任务的学习表示,如图7所示。图7为了获得有效的结果,将数据集分为90%作为训练集,其余10%作为测试集。首先,将十个受试者的数据集(总共19320个样本)分为17388个样本以训练所提出的CNN模型,以及1932个样本以验证模型的有效性。在实验中,研究者还选择了另外四个受试者的数据集以增加数据集的规模(27048个样本),其中24343个样本是训练集,其他样本是测试集。在选定的scout上对所提出的CNN架构进行了十次训练和测试,以验证所提出模型的鲁棒性。图8(a)显示了10个scout中每个的全局平均精度。图8 统计结果R5的全局平均精度最高,达到94.5%,而L2的全局平均精度最低,为91.3%。对应L1、L3、L4、L5、R1、R2、R3、R4的整体准确率分别为92.4%、92.5%、93.6%、91.9%、93.0%、91.8%、92.1%、92.6%。所有scout的总体精度均在91%以上,标准差均在0.20%以下。图8(b)显示了十个scout中每个scout四个MI任务的组级统计结果及其标准差。一般来说,R5表现的要比其他的好,而L2在迭代2000中表现最差。标准差较小,说明这些精度更接近平均值且稳定。图9 统计结果图9(a)显示了带有标准差的混淆矩阵,说明了group level分类结果。T1、T2、T3和T4的全局平均精度峰值分别为95.3%、93.3%、93.6%和96.0%。R5 scout的四个MI任务中的每一个都如图9(b)所示。通过改变训练集和测试集顺序的10次试验,确定了scoutR5的性能,结果如图10(a)和(b)所示。在10次试验中,scout R5的T1、T2、T3、T4的平均准确率分别为93.3%、93.8%、94.2%、94.1%。换句话说,四个任务中每一个的平均准确率都超过了93%。全局平均准确率为93.7%。10次试验结果表明,该方法对scout R5的分类效果较好。从以上结果可以清楚地看出,R5 scout在四种MI任务的分类中扮演着最重要的角色。因此,选择R5对四个MI任务进行分类。图 10图11. (a)是不同模型的全局平均准确性的比较。可以发现,该研究提出的模型可以达到最大的精度。从图11. (b)不同模型的ROC曲线可以看出提出的模型比其他模型表现更好。©不同模型T1上的精度比较。(d)不同模型T2的精度比较。(e)不同模型T3的精度比较。(f)不同型号T4的精度比较。图11 不同模型的精度比较结论东北电力大学和长春理工大学研究团队开发并实现一种结合脑电图源成像(ESI)技术和卷积神经网络(CNN)的新方法。该方法可以对运动想象(MI)任务进行分类。实验结果表明,他们的研究成果与最先进的MI分类方法的结果相比,总体分类增加了14.4%。研究者加入了4个新的受试者进行验证来验证方法的有效性。研究者表示,他们提出的结合scout ESI和CNN的方法,提高了脑电解码四类MI任务的BCI性能。论文信息:A novel approach of decoding EEG four-class motor imagery tasks via scout ESI and CNN
东北电力大学 2021-04-10
一种带水合反应器的复合吸收剂循环捕捉CO2的装置及方法
本发明公开一种带水合反应器的复合吸收剂循环捕捉CO2的装置及方法,该装置包括煅烧?还原反应器(1)、冷凝器(2)、水合反应器(3)、空气反应器(4)、碳酸化反应器(5)、换热器(6)以及各部分之间的连接管道;该循环捕捉CO2的方法为:钙铜基复合吸收剂中的Ca(OH)2和CaO与进入碳酸化反应器的烟气反应,捕捉CO2;固体产物在煅烧?还原反应器中与通入其中的CH4反应,产生高浓度CO2;部分反应后的固体进入水合反应器改善孔隙结构,增强反应活性;活化后的复合吸收剂进入空气反应器完成铜基载氧体的再生。本发明使用钙循环耦合化学链工艺实现了低能耗捕捉烟气中的CO2,同时借助水合反应抑制吸收剂碳酸化性能衰退。
东南大学 2021-04-11
超临界二氧化碳燃煤循环流化床锅炉及发电系统与发电方法
本发明公开了一种超临界二氧化碳燃煤循环流化床锅炉及发电系统与发电方法,锅炉包括炉膛、分离器、尾部烟道和位于分离器回料段中的外置式换热器,炉膛内设有冷却壁和中温过热器,外置式换热器内设有高温再热器和分别与冷却壁和中温过热器连通的低温过热器,尾部烟道内设有低温再热器、高温过热器、上级省煤器、下级省煤器和空气预热器,其中,高温过热器与中温过热器连通,低温再热器与高温再热器连通;锅炉的工质为超临界二氧化碳。本发明锅炉能有效控制冷却壁壁温,保证锅炉安全可靠运行且热效率高;发电机组趋于小型化,具有更快的负荷响应速度,深度调峰适应性强,充分发挥煤炭资源优势,提高能源利用率,保障能源安全。
东南大学 2021-04-11
一种兼顾近场和远场性能的三维摄像声纳系统换能器阵列的稀疏优化方法
本发明公开了一种兼顾近场和远场性能的三维摄像声纳系统换能器阵列的稀疏优化方法,包括以下步骤:根据三维摄像声纳系统中近场数字波束形成算法的类型,确定三维摄像声纳系统的聚焦距离误差参数;利用聚焦距离误差参数确定近场稀疏优化能量函数;采用全局寻优算法,求解使近场稀疏优化能量函数达到最小的稀疏换能器阵列Q1;对Q1中开启的换能器进行二次稀疏优化,求解使远场稀疏优化能量函数达到最小的稀疏换能器阵列Q2;当声纳系统工作在近场状态时,使用Q1进行聚焦波束形成;当声纳系统工作在远场状态时,使用Q2进行远场波束形成。本发明能够在有效降低系统硬件复杂度的同时,保证系统在不同探测距离下都具备稳定的探测性能。
浙江大学 2021-04-11
一种基于呼出气VOC的新型冠状病毒感染(COVID-19)的快速筛查方法
快速诊断COVID-19是控制大流行的关键。本项目通过对新冠患者、健康人、医护人员、上呼吸道感染(非新冠)的呼出气中挥发性有机物进行了筛查。通过数据分析,发现新冠患者呼出气中存在有别于健康人和其他患者的特征性有机化合物(VOC)生物标志物。呼出气的采集只需1-2分钟内完成,一次性耗材,无交叉污染。通过GC-IMS、PTR-MS或其它定制的VOC传感器可以快速实现对患者的新冠筛查,全程无需任何生物检测试剂,专业技术要求低,简单无创、费用低廉,初步数据显示相对于核酸检测该方法的灵敏度和特异性均能达到90%。
北京大学 2021-02-01
一种数控成品电路板在环境综合作用下的可靠性快速测评方法
本发明公开了一种数控成品电路板在环境综合作用下的可靠性 快速测评方法,包括:(i)选择温度和直流偏压做为加速应力,为待 执 行 测 评 的 电 路 板 构 建 加 速 模 型 <img file=DDA00002537771500011.GIF wi=763 he=110 />(ⅱ)确定加速应 力水平和应力组合数,分组进行加速寿命试验同时纪录试验数据; (iii) 选取寿命分布模型并根据试验数据进行参数求解,计算出不同加速应 力组合下的特征寿命值;(iv)根据特征寿命值对电路板加速模型进 行拟合和模型系数确立,然后执行可靠性测评,从而获得数控成品电 路板在环境综合作用下的可靠性指标。通过本发明,能够快速、定量 地确定数控成品板在环境综合作用下的可靠性指标,满足系统可靠性 快速评估的要求,并且整体流程便于操作,效率高,满足数控系统高 可靠性的要求。 
华中科技大学 2021-04-11
中国科协办公厅关于举办2023年中国创新方法大赛的通知
为进一步激发企业科技人才创新活力,打造弘扬创新文化、传播创新方法、提升创新能力的服务平台,中国科协、天津市人民政府将举办2023年中国创新方法大赛,现将有关事项通知如下。
中国科协 2023-08-11
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