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非编码RNA的染色质结合机制研究
哺乳动物基因组的广泛转录产生了大量的非编码RNA,相比于细胞质定位的蛋白编码mRNA,这些非编码RNA如长链非编码RNA(lncRNA)、启动子和增强子关联的不稳定转录本(uaRNA、eRNA)等更倾向于结合染色质参与调控染色质结构、转录和RNA加工等过程。尽管零星报导少数RNA核滞留的现象,但为何大部分lncRNA会滞留于染色质上行使调控功能,仍是个不解之谜。上世纪80年代初,Joan Steitz通过系统性红斑狼疮患者血液抗体分离提取 U1,U2, U4, U5和U6小核糖核蛋白粒子(又称为 snRNP),揭示了它们参与RNA剪接的经典功能。近年来施一公团队系统报导了真核生物剪切体的原子结构和生化功能。然而,一直让人困惑的是,细胞内U1 snRNP的数量为什么比其它剪接相关snRNP高 2-5倍。虽然Gideon Dreyfuss和Phil Sharp等团队曾揭示U1 snRNP调控转录终止和方向的非经典功能,U1 snRNP在细胞中的丰富存在仍然是一个让人困惑的问题。为了探究lncRNA的染色质结合机制,研究者首先建立和运用一套新颖的mutREL-seq方法来高精度筛选调控RNA定位的关键序列,意外发现了U1 snRNP识别位点参与调控候选RNA的染色质滞留。相比于蛋白编码基因,lncRNA转录本含有更多的U1识别位点(同时也是潜在的5’剪接供体位点),而其基因组区域具有更少的3’剪接受体位点。并且U1 snRNP更高水平地结合在lncRNA上。随后,研究者分别使用antisense morpholino oligos(AMO)和auxin-induced degron(AID)诱导蛋白降解系统,来抑制U1 snRNA和核心蛋白组分SNRNP70的功能。研究者发现小鼠胚胎干细胞中近一半的lncRNA受U1 snRNP调控。另外,与转录调控元件关联的不稳定非编码转录本如uaRNA、eRNA等,它们的染色质结合在U1 snRNP抑制后也显著下降。研究者进一步证明了U1 snRNP直接调控成熟lncRNA与染色质的结合,而不是通过影响RNA合成、加工或降解过程的动态变化所产生的间接影响。机制上,研究者鉴定了U1 snRNP在染色质上的互作蛋白,发现U1 snRNP结合特定磷酸化状态的RNA转录聚合酶II(Pol II)。转录抑制明显降低了U1 snRNP及其所调控的非编码RNA与染色质的结合,表明U1 snRNP通过与磷酸化的Pol II互作来介导其互作RNA与染色质的结合。最后,研究者通过以lncRNA Malat1为例,进一步验证了U1 snRNP对其染色质结合的调控作用。去除SNRNP70后,绝大部分Malat1 “核斑”定位信号消失,并弥散在核质及细胞质中。同时,Malat1在活跃表达基因染色质区域的结合信号显著下降,表明U1 snRNP不仅可以将Malat1滞留在染色质上,同时也参与调控后者在染色质上的移动及其与靶基因的结合。综上,研究者提出如下模型(图1):5’和3’剪接位点在lncRNA上的不对称分布,致使U1 snRNP持续结合在lncRNA转录本上,而不能通过RNA剪接过程释放,从而介导了lncRNA的染色质滞留。磷酸化Pol II进一步介导了lncRNA-U1 snRNP复合体在染色质上的移动(mobilization)。对于大多数低丰度、不稳定的lncRNA,它们只能靶向结合邻近的染色质区域(顺式cis作用);而对于少数稳定和高丰度的lncRNA,如Malat1,U1 snRNP促进了其迁移和结合更多的靶基因区域(反式trans作用)。图1. U1 snRNP介导非编码RNA染色质结合的模式图。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-020-2105-3
清华大学 2021-04-10
N端RNA结合域的晶体结构研究
2020年3月8日,中山大学第五医院在bioRxiv上上传了一篇题为Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein RNA binding domain reveal spotential unique drug targeting sites的研究,确定了SARS-CoV-2核糖蛋白N-端RNA结合域的晶体结构。虽然整体结构与其他冠状病毒核N端RNA结合域相似,但它们之间的表面静电电位特征却不同。与轻度病毒类型HCoV-OC43 等效域的进一步比较显示,β-螺旋核心旁边具有独特的潜在RNA 结合槽。结合体外数据,结果提供了SARS-CoV-2N端RNA结合域的几种原子分辨率特征,指导了针对SARS-CoV-2的新型抗病毒剂的设计。
中山大学 2021-04-10
沐舒坦或可治疗新冠肺炎的研究
该研究通过生物学分析发现武汉新型冠状病毒的刺突(S)蛋白与SARS冠状病毒的S蛋白结构相似,也可通过S蛋白与宿主细胞表面的 血管紧张素转化酶(ACE)2蛋白分子相互作用,从而感染宿主的上皮细胞。因此, ACE2分子是武汉新型冠状病毒感染的关键分子,通过结合ACE2分子有可能影响武汉新型冠状病毒感染人体细胞的过程。ACE2是肾素-血管紧张素-醛固酮系统(RAS)的关键分子,也是包括肺泡上皮细胞在内的多种人体细胞表面表达的重要分子之一。2003年,ACE2被鉴定为SARS冠状病毒的功能性受体。2020年1月25日, 北京大学基础医学院的 王月丹和初明团队,采用自主研发的人工智能药靶筛选系统,重点针对2674种已上市的药物以及1500种中药提取物进行了药物筛选, 发现了多种潜在的ACE2结合剂,有望用于武汉新型冠状病毒感染的治疗,其中包含了氨溴索(CAS号:18683-91-5)等。氨溴索,又称沐舒坦,是一种呼吸道润滑祛痰药,能促使呼吸道表面活性物质的形成,调节浆液性与黏液性物质的分泌,促进代谢,还可改善纤毛运动,增强呼吸道分泌物的消除作用。
北京大学 2021-04-10
基于CR系统的图像增强技术应用研究
上世纪80年代,日本富士公司初率先在世界上推出第一套CR系统(计算机X射线影像仪Computed Radiography),它是用成像板(Imaging Plate,简称IP)替代传统的胶片进行感光并存储,再把储存于IP上的感光信号用激光扫描方法转换成电信号并进行数字图像处理的一种技术,实现了胶片数据化,为放射科无片化及医疗影像计算机联网打下了扎实的基础,为进入远程影像资料会诊开辟了道路。CR系统能直接生成数字图像,使其不再经过显影、定影、水洗技术流程,从而节省了大量的劳动力和精力;CR系统生成的数字图像大大的减少了存放X线胶片的空间,保证了图像的质量,也便于图像的存储、查找,从而结束了图像查询缓慢、易错、保存质量不高的时代,方便对病人资料进衍管理。正是由于它的这些优点,CR技术才得以在医学中广泛应用。 CR图像在生成、传输和扫描进入计算机时,会受到医学影像设备、媒质的实际性能、以及接收设备的限制,这些因素引起图像质量的退化。退化的X射线数字图像质量不能达到直接用于实体造型的要求,从而影响了医生的准确诊断。影响CR系统成像的因素主要有X射线散射、噪声以及人为因素,其中人为因素是指X射线的用量不足或过量。一般来说,由于X射线散射、噪声引起的图像退化很难避免,而且一直存在,因此本项目主要考虑人为因素引起的图像模糊问题,利用图像增强技术对模糊图像处理,方便医生诊断。 以下是模糊大剂量CR图像、模糊小剂量CR图像以及可以用于诊断的标准CR图像显示效果:
南京工程学院 2021-04-11
Lyocell纤维国产化工艺与设备的研究
课题组自1994年进行Lyocell纤维实验室小试;2001年与上海纺织控股集团公司共同申请的“年产1000吨Lyocell纤维项目”被国家发改委列入国家高技术产业发展项目计划新材料专项项目,又于2004年被批准为上海市首批“科教兴市”重大产业科技攻关项目,年产千吨规模Lyocell纤维工业化生产线正在生产。成果获“2000年度中国高等学校十大科技进展”称号。课题组还开发各种改性Lyocell纤维。
东华大学 2021-02-01
综合措施提高肝癌肝移植疗效的系列研究
在国内率先研究发现肝移植后乙肝复发是肝癌复发的预测因素,并针对肝移植术后乙肝复发的防治开展了一系列研究,将乙肝复发率降至1%以下。(四)全面系统地总结了肝移植后肝癌复发的治疗策略,提出复发后 个体化综合治疗的观点,并在国内率先组织同行专家达成共识。对肿瘤免疫微环境、免疫抑制状态下肝 癌侵袭转移机制等开展了一系列基础及应用基础研究。相关研究获973课题、科技重大专项课题、国家自 然科学基金多项;先后举办了七届羊城肝脏移植高峰论坛和多次学习班;出版专著4部(移植肝脏病学、 腹部器官移植手术学等);获国家发明专利1项;发表论文115篇,其中SCI论文42篇(影响因子10分以上2 篇,5分以上5篇),他引频次达400多次;本项目的关键技术向国内20多家常规开展肝癌肝移植的移植中 心推广并取得良好效果,不仅推动了肝脏移植的发展,也提升了我国肝脏移植的国际地位。
中山大学 2021-04-10
铜材复杂器件耐腐蚀耐磨材料的研究
在海洋环境、酸雨污染、高温高湿等的环境条件下,紫铜、黄铜及其合金的加工器件在中间工序存放和使用过程中会造成点蚀,进而扩展为大面积腐蚀,而作为连接部件会加剧缝隙腐蚀引发应力腐蚀断裂。该项目成功研制了耐腐蚀耐磨防腐蚀环保涂料,大大延长铜类尤其是紫铜的自然存放期,对铜器件生产和运输过程中起到了很好的保护作用;由于耐蚀性优异,也可作为长期防护涂层。该技术获得的涂层在厚度为5μ条件下测试相关主要技术指标如下:   外观    无色透明   可保留铜的金属光泽;可调整任意颜色   粘度    25秒      《涂料粘度测定法》(涂-4杯)(GB/T 1723-1993)    附着力  0级      《色漆和清漆漆膜的划格试验》(GB/T9286-1998)    耐盐雾   200h       《色漆和清漆耐中性盐雾的测定》(GB/T1771-1991)   耐冲击  50Kg·cm   《漆膜耐冲击测定法》GB/T1732-1993   耐磨擦  0.005千克 《漆膜耐磨性测定法》(GB/T1768-1989)   硬度    4H        《涂膜硬度铅笔测定法》(GB/T6739-1996)   相容性  与弹药相容 《真空安定性试验-压力传感器法》(GJB772A-97 501.2) 该技术适合喷涂、刷涂、辊涂等工艺,不含任何有害稀释剂,为环保产品。该产品用量少、性能和使用工艺优于防锈油;其另一特色在于必要时很容易去除,比防锈油的去除要容易的多。
北京科技大学 2021-04-11
低压保护电器关键技术的研究及其应用
项目简介提出采用消除试验电流中电流非周期分量的方法;实现了准确的选相合闸,解决了国内外长期未解决的保护电器瞬动特性调试精确度低的难题;首次提出采用成功率作为保护类电器的可靠性主要考核指标,解决了保护电器保护特性的可靠性考核问题,并提出成功率的双参数验证试验方案;制订出低压保护电器可靠性的系列行业标准,填补了国内外在保护电器可靠性考核标准上的空白。二、技术指标该项目在研究期间出版了专著《低压保护电器可靠性理论及其应用》,发表学术论文38篇,获得发明专利3项,获河北省科技进步一等奖2项,天津市科技进步二等奖1项。于2002年荣获国家科技进步二等奖。研制出贯彻保护电器系列行业标准的试验装置,并在国内检测机构、行业骨干企业建立了可靠性试验平台。三、推广应用情况推动了电器可靠性技术的发展,所制订的标准对提高我国低压保护类电器产品的质量与可靠性水平奠定了基础。在国家电器产品质量监督检验中心等6家检测机构及企业建立了可靠性试验平台,研究成果推广应用到70%的低压保护类电器主要生产厂家。发明专利证书国家科技进步二等奖证书
河北工业大学 2021-04-11
细菌群体趋化运动的“逃逸相变行为”研究
细菌通过多个趋化受体来感受周围不同的化学小分子,主动游动,实现获得更好的生长环境或者实现趋利避害。但不是强的正趋小分子都是很好的可利用营养物质—好闻的不一定有营养,同样,也不是容易代谢的营养就是强的趋化因子—有营养的不一定好闻。细菌在自然界中往往面临多种不同强弱的趋化小分子,多种不同可代谢程度的营养来源的复杂浓度梯度环境中,细菌群落是如何通过趋化行为抉择它们的去向,实现最优化它们的环境适应性与生长速度?细菌在个体与群体的选择上是否有不同?这一基于细菌的生物行为的研究也许对了解复杂的高等生物的群体行为也有所帮助。 北京大学物理学院欧阳颀院士领导的“生物物理”团队的罗春雄研究组在基于微流体细菌趋化分析芯片的实验研究中发现:在反向不同引诱物浓度梯度下,细菌首先趋向聚集于强引诱物而少营养的一端, 但当细胞密度超过一个阈值时,细菌群落部分“逃逸”强引诱物浓度场,游向趋化因子相对弱但可代谢物质富集的一端。这一现象被刻画为细菌群体运动的“逃逸相变行为”。罗春雄研究组通过与美国IBM沃森研究中心的涂豫海教授(北大定量生物学中心资深访问学者)合作,对此现象涉及的趋化受体间的协作行为进行了系统细致的理论分析和实验论证,发现营养物质通过数量较少的Tap趋化受体进行了响应行为,而且在较大的一个趋化响应参数空间均会出现由细菌密度超过临界密度而产生的逃逸条带(“Escape Band”)行为,该行为可以使得细菌群落在复杂的趋化物浓度场中获得更好的生长优势。相关的定量实验与理论研究以“The escape band in Escherichia coli chemotaxis in opposing attractant and nutrient gradients”为题于2019年1月23日在线发表于Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America(PNAS)杂志上。细菌群体趋化运动的“逃逸相变行为” 文章第一作者为北京大学定量生物学中心博士研究生张玄麒,通讯作者为北京大学物理学院/定量生物学中心罗春雄教授及美国IBM沃森研究中心/定量生物学中心的涂豫海教授,参与人包括欧阳颀院士,前沿交叉学科研究院博士研究生司光伟,董一名,物理学院博士研究生陈凯悦。工作得到国家自然科学基金委、物理学院介观物理重点实验室、 北京大学定量生物学中心、北大-清华生命科学联合中心的支持。 工作原文连接: https://www.pnas.org/content/early/2019/01/22/1808200116
北京大学 2021-04-11
微腔非线性光学研究中的重要突破
北京大学物理学院“科技部极端光学创新研究团队”肖云峰研究员和龚旗煌院士领导的课题组利用超高品质因子回音壁模式光学微腔,极大地增强了表面对称性破缺诱导的非线性光学效应,得到的二次谐波转换效率提升了14个数量级。相关研究成果在线发表在《自然•光子学》(Nature Photonics)上,文章题为“Symmetry-breaking-induced nonlinear optics at a microcavity surface”。左图:表面二次谐波效应示意图;右图:光学微腔增强表面非线性效应。 二阶非线性光学效应是现代光学研究与应用中最基本、最重要的非线性光学过程之一,被广泛地用于实现频率转换、光学调制和量子光源等。由于结构反演对称性的限制,常用的硅基光子学材料往往不具备二阶非线性电偶极响应。借助材料的表面或界面,这种反演对称性可以被打破,进而诱导出二阶非线性光学响应。然而,传统的表/界面非线性光学研究存在两个重要挑战:一是非线性转换效率极低,即使在高强度的脉冲光激发下也仅能产生极少量的二阶非线性光子;二是体相电四极响应严重地干扰表面对称性破缺诱导的非线性信号分析。 该项工作中,北京大学课题组利用超高品质因子回音壁光学微腔极大增强光与物质相互作用的优势,在二氧化硅微球腔中获得了高亮度的二次谐波和二次和频信号。为了充分发挥微腔“双增强”效应,研究人员发展了一种动态相位匹配方法,利用光学微腔中热效应和光学克尔效应的相位调制,高效地实现了基波和谐波信号同时与微腔模式共振。实验上获得的二次谐波转换效率达0.049% W-1,相比传统表面非线性光学,该效率增强了14个数量级。左图:实验获得的激发光和二次谐波光谱图;右图:动态相位匹配过程二次谐波功率变化。 研究人员进一步通过对基波偏振和二次谐波模式场分布的测量分析,成功提取得到只有表面对称性破缺诱导的非线性信号,排除了体相电四极响应的干扰。这种表面对称性破缺诱导的非线性信号有望作为一种超高灵敏度的无标记“探针”,用来检测和研究材料表面分子的结构、排布、吸收等物理与化学性质,为表面科学研究与应用提供了一个全新的物理平台;同时,该项研究发展的动态相位匹配机制具有普适性,可进一步推广到不同材料、不同形状的光学谐振腔中,有望在非线性集成光子学中发挥重要作用。 研究论文的共同第一作者是张雪悦和曹启韬同学,现分别在美国加州理工学院应用物理系和北京大学物理学院攻读博士学位,通讯作者为肖云峰研究员。论文合作者包括新加坡国立大学仇成伟教授和王卓博士、清华大学刘玉玺教授、圣路易斯华盛顿大学杨兰教授等。 研究工作得到了国家自然科学基金委、科技部、人工微结构和介观物理国家重点实验室、量子物质科学协同创新中心和极端光学协同创新中心等的支持。
北京大学 2021-04-11
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