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材料基因组工程
交叉集成上海交通大学在材料科学与其他科学与工程领域的综合优势，协同发展基于材料基因组理念的材料学理论与计算、实验、数据技术，加速创新在新模式下材料研究与应用。牵头建立校级“上海交通大学材料基因组联合研究中心”学科交叉平台；与MIT的Gerberd Ceder教授合作共建基于The Matenals Project的材料基因组亚洲中心；作为主要成员参与共建“上海市材料基因组工程研究院”；联合上海同步辐射光源共建“材料高通量原位制备和表征线站”
上海交通大学
2023-05-09
新型冠状病毒的基因组序列
2020年2月4日上海复旦大学公共卫生学院张永振团队在《自然》杂志发表了与中国呼吸道疾病爆发相关的病毒的基因组序列，该病毒基因组从就职于出现首批患者的海鲜市场的一名病人身上获得。基因组分析显示，该病毒与此前在中国蝙蝠体内找到的一组SARS样冠状病毒密切相关。 张永振及同事研究了一名41岁的男性海鲜市场工人，其于2019年12月26日在武汉一家医院住院，表现出呼吸系统疾病症状，包括发烧、胸闷和咳嗽。联合使用抗生素、抗病毒药和糖皮质激素进行治疗，但患者表现出呼吸衰竭，治疗三天后病情无改善。团队对从患者收集的支气管肺泡灌洗液（肺分泌物）进行了基因组测序。他们鉴定出了一种新型病毒，并发现该病毒基因组与蝙蝠体内发现的SARS样冠状病毒有89.1%的核苷酸相似性。尽管从单个患者的分析中不可能得出该冠状病毒是当前疫情爆发原因的结论，不过团队的这些发现已被针对其他患者的独立调查研究证实。
复旦大学
2021-04-10
新型冠状病毒基因组注释数据库
2020年1月30日，天津大学生物信息中心新型冠状病毒基因组注释数据库上线，并纳入中国国家基因组科学数据中心向全球开放服务。天津大学生物信息中心的高峰教授、罗昊博士采用已研发的ZCURVE_CoV系列软件对包括新型冠状病毒(2019-nCoV)在内的两千余株冠状病毒的基因组进行了基因识别和酶切位点预测，并以数据库(ZCURVE_CoV Database)的形式提供网上服务。
天津大学
2021-04-10
基于细长反应腔的全基因组扩增方法
本发明提出了一种基于细长反应腔的全基因组扩增方法，其特征在于将多重链置换扩增反应体系注入细长型的反应腔中，完成对目标基因组的全基因组扩增。细长形的反应腔体将多重链置换扩增反应体系相对分隔于一个细长的反应腔中，各微观反应单元之间的物质交换和相互影响大为减少，因此各微观反应单元以一个相对独立的状态发生反应，目标核酸各个片段之间的扩增一致性得到很大提升。同时，基于细长反应腔的多重链置换扩增，不需要预先制备微液滴发生装置或复杂反应微腔，并且在系统调试和扩增反应的过程中，不需要对微量液体进行精密和复杂的控制，
东南大学
2021-01-12
阐明了红树基因组水平的趋同进化机制
红树植物是生长在海岸潮间带环境的木本植物，包含了不同分类类群的数十个物种，是研究适应性趋同进化的极佳对象。课题组选择了三个主要的红树植物类群共16种代表性的红树物种，进行了全基因组或转录组测序组装，在全基因组水平检测趋同进化。通过系统发育分析发现三个红树植物类群起源的时间十分接近，共同经历了历史上海平面的升降，并逐步适应潮间带环境。论文进一步发展了准确估计分子水平趋同进化的方法，以陆生植物为对照，通过检测趋同氨基酸替代的方法，成功收集到70多个在红树植物中趋同进化的基因。此外还发现红树植物更多的趋同进化发生在氨基酸组成和氨基酸替代模式的改变。相比于陆生植物，红树植物趋同地改变了9种氨基酸的使用频率，更多地发生了平常少见的氨基酸替代模式。这种氨基酸组成的趋同进化有助于红树植物适应高盐、动荡且营养贫瘠的海岸潮间带环境。这项研究通过合适的物种选取、大量的基因组数据和完备的对照组设置，首次真正在基因组水平上准确地检测出趋同氨基酸替代位点。
中山大学
2021-04-13
癌细胞简化自身基因组冗余序列以便快速增殖
核糖体DNA编码核糖体的关键组分-核糖体RNA，对蛋白质翻译和细胞增殖具有重要的作用。然而，核糖体DNA的拷贝数在人类基因组中是易变的，由于技术手段的限制，人们对哺乳动物细胞如何维持和控制核糖体DNA的拷贝数和稳定性所知甚少。本研究应用计算生物学和数字微滴式PCR（Droplet digital PCR）方法分析了正常和癌症状态下，人类和小鼠基因组中核糖体DNA的拷贝数和序列变异情况。发现人类癌症基因组中核糖体DNA拷贝数出乎意料地显著减少，并伴随许多其他基因拷贝数的变异。此外，癌症基因组的核糖体DNA序列也更易发生突变。 根据文献证据的提示，研究团队进一步探讨了癌症模型中mTOR（哺乳动物雷帕霉素靶蛋白，mammalian target of rapamycin）功能与核糖体DNA拷贝数减少的关系。发现Pten基因（mTOR信号通路的负调控因子）敲除的白血病小鼠模型中，癌症造血干细胞早期就出现核糖体DNA拷贝数的减少，但其细胞增殖、核糖体RNA合成和蛋白翻译水平等均显著提高。说明核糖体DNA拷贝数丢失是mTOR通路过表达的癌症的一种常见特征。这一研究结果提示，测定核糖体DNA拷贝数，可成为预测癌症对DNA损伤药物敏感性的一个简单而有效的新指标。
中山大学
2021-04-13
一种估计基因组育种值的方法及装置
本发明实施例提供一种估计基因组育种值的方法及装置，该方法包括：根据矩阵M‑1的子块数和预设的MPI进程数n，确定MPI进程MPIi读取的根据表型数据文件的记录条数、矩阵A‑1中的个体数和所述MPI进程数n，确定MPI进程MPIi读取的系数矩阵Wi和根据MPI进程MPIi的系数矩阵Wi和确定待估计的基因组育种值。本发明实施例可以实现计算机资源与运算速度的最优化，节约运算时间，提高工作效率。
中国农业大学
2021-04-11
开发了一个在线的个人基因组解码平台
一直以来，自从第二代高通量测序技术开发至今，基因组测序成本已经降低到3000美元，我们马上就要来到1000 dollar genome 的时代。然而从复杂冗余的基因序列中解读出与疾病相关，与药物相关的重要信息，已经成为当前生物信息学已经成为生物信息学中最重要的挑战。面对该挑战，程容海等人开发了一个在线的个人基因组解码平台（Virtual Pharmacist）。它可以支持分析目前主流的生物信息学数据格式，并且通过该软件后台的数据库和算法，挖掘出个人基因组中的基因突变（Single Nucleotide Polymorphism）与药物反应的关联性分析。该平台只需要用户上传SNP数据文件，或者是高通量测序文件便可以自动完成包括生物信息学分析，基因组信息解读（genomic interpretation），并最终呈现给用户一份详细的，用户友好的，关于195种药物反应的基因检测报告。
南方科技大学
2021-04-13
基于基因组定点编辑分子育种新技术及其配套软件
研发阶段/n基于基因组定点编辑分子育种新技术及其配套软件。 成果简介：本成果含有完整的基于CRISPR/Cas系统介导的基因组定点编辑技术，我们对基因组编辑技术切割活性和脱靶效应进行了优化，开发了完整的sgRNA设计，sgRNA表达载体构建，细胞或在体水平基因组打靶和脱靶检测等技术。提高基因组定点打靶效率和降低脱靶风险，为基因组定点编辑技术应用于动植物分子育种打开了新的局面。本成果拥有自主知识产权的基因组编辑技术配套软件，其适用于针对不同物种基因组设计和筛选活性高，特异性强的sgRNA用于动植物分
华中农业大学
2021-01-12
西安交大科研人员完成高精度组装中国汉族基因组
为了完成高质量高精度的汉族单倍型基因组组装，西安交通大学信息与生物交叉团队在首席科学家叶凯教授的带领下，构建了中国汉族人的单倍型基因组HJ-H1和HJ-H2，两套单倍型基因组序列的连续性指标contigN50均大于25Mb，是现有最好汉族基因组HX1的3倍以上，为发现完整准确的汉族特异遗传特征，揭示汉族特异性状分子机理奠定基础。
西安交通大学
2022-03-18