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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题 癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一,基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性,对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义,而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析,还面临很多挑战。 肿瘤样本具有其独有的特点,在样本制备和单细胞分离过程中,其细胞应激反应大、坏死细胞多,为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战; 肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题,比如复杂的微环境和高度的异质性,而如何充分考虑这些难点,并从信息学的视角进行深入研究,有待建立全面、自动的分析框架; 肿瘤单细胞数据的分析,对科研人员的编程能力和分析经验要求很高,亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛,提高研究的效率。 2.解决方案 本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括: 1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题,提出了全面、精细的数据质量控制方案; 2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程(数据标准化、降维、聚类、差异表达分析); 3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法; 4)从重要表型(细胞周期、干性)、基因集(已知的和潜在的)两方面深度解析了肿瘤内部的异质性; 5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法; 6)构建了自动化、智能化分析的软件平台,能够自动生成全面、直观的分析报告。 基于本项成果产生的产品、服务或解决方案: 1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer; 2)针对软件使用和分析结果解读的服务; 3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。 3、合作需求 团队要求:合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验,能为本项目的应用与落地提供条件; 资金需求:合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学 2022-08-30
乙型肝炎病毒特异性T细胞检测试剂盒
利用已经进行功能验证的、被各种HLA-I类分子提呈的100余种HBV抗原肽,对乙型肝炎患者进行HBV特异性T细胞免疫功能状态的检测,为监测疾病进展、判断预后转归、评价药物疗效、预测复发以及评价疫苗效果等提供全新的实验室指标。目前HBV的诊断和疗效观察主要是乙肝两对半和HBV DNA定量检测。这些指标可以监测病毒复制增殖和体液免疫反应,但不能反映患者在抗病毒感染中起更重要作用的特异性T细胞免疫功能状态。本试剂盒目前在国内外市场上没有同类竞争者。
东南大学 2021-04-13
技术需求:用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别
一、用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别 1.本公司研发一款试剂是用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别的。2.该试剂可检测HLA的A/B/C/DR/DQ位点的,采用PCR-SSP法,检测一人份共计需扩增112孔。引物是预先包埋在96孔板上。3.生产试剂后需要对112孔进行质检,确保每个孔的引物配制无误且能完成有效扩增。所以,质检时需要有已知型别的DNA样本进行试剂验证。4.现在产品质检存在以下问题:1.没有充足的DNA样本来源(仅为小体积血样提取的DNA,一次质检后就用完);2.没有大体积血样或细胞提取高浓度DNA的方法;3.罕见型别DNA样本很难筛选到。 二、研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方 支气管肺泡灌洗液样本中有大量黏液,影响镜检检验。针对此点,拟研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方。同时,将该试剂与一次性无菌标本收集器组合于一体,实现不用打开标本收集器盖子就完成预处理步骤,简化检验流程,降低生物安全风险。 三、研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色体 研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色液。该试剂盒拟申报体外诊断试剂二类注册证,产品开发需要整合微生物、医学检验、材料、化学、机械、软件等多学科的专业科研团队,形成相关关键技术来搭建病原微生物形态学检测平台。
江西业力医疗器械有限公司 2021-11-01
SCIENTZ08-IIIC非接触式超声波细胞粉碎机
产品说明 非接触式超声波粉碎机也叫杯式超声破碎仪,可在密闭容器、无菌、可超微量条件下进行破碎。相比传统的探头超声波细胞粉碎机,该仪器具有一次可同时检测多个样品、实验效率高、无需频繁操作探头、避免样本交叉污染等优势。仪器标配低温恒温装置(可根据客户需要选择不同型号),便于样品在4-10℃环境内工作,使能量分布均匀,超声作用 完全。逐渐成为ChIP(染色质免疫共沉淀)和DNA剪切研究平台不可缺少的标准化工具。
宁波新芝生物科技股份有限公司 2021-12-08
家蚕国重徐汉福教授课题组揭示单细胞分辨率下家蚕丝腺全细胞异质性和基因转录动态图谱
丝蛋白是大自然赋予人类的一种天然可再生蛋白资源,具有优异的力学性能、生物相容性以及生物可降解性等特点,开发利用价值巨大。地球上已知能够产丝的生物超过十万种,其中包括人们熟知的蚕类、蜘蛛、蚂蚁等。
西南大学 2022-07-11
一种许氏平鮋免疫增强蛋白HMGB1基因及编码蛋白和应用
本发明涉及分子生物学领域,具体的说是一种许氏平鮋免疫增强蛋白(HMGB1)编码基因及其重组蛋白制备和应用。HMGB?1为序列表SEQ?ID?No.1中的氨基酸序列所示,该蛋白的编码基因为序列表SEQ?ID?No.2中的碱基序列所示。其制备方法:以鳗弧菌刺激的许氏平鮋头肾cDNA为模板,PCR扩增HMGB1编码基因,构建质粒pHMGB1;将pHMGB1转化大肠杆菌BL21Transetta(DE3),对转化子进行诱导表达后,提取和纯化蛋白,即得重组HMGB1蛋白。所述重组HMGB1蛋白可结合双链DNA,并可显著提高许氏平鮋头肾巨噬细胞的免疫活性,提高其对鳗弧菌的杀菌功能和许氏平鮋对鳗弧菌的抵抗能力。该重组HMGB1蛋白可作为免疫增强剂应用于鱼类鳗弧菌病害的防治。
青岛农业大学 2021-04-13
一种基于免疫遗传算法的模块化多电平变换器的调制方法
本发明涉及一种基于免疫遗传算法的模块化多电平变换器的调制方法,对模块化多电平变换器的优化控 制方面的问题进行研究,优化目标为模块化多电平变换器的输出电流波形最优,本发明结合模块化多电平变 换器的结构特点和输出特性,采用各相上桥臂投入子模块的数目表示工作状态,对模块化多电平的工作状态 进行优化,通过编码操作,注入疫苗,亲和度计算,浓度计算,免疫选择,交叉操作,变异操作,倒位操作, 经过多次迭代收敛后得到优化后的模块化多电平变换器的输出电压阶梯波。
武汉大学 2021-04-14
治疗乳腺癌的药物组合物、药物传递系统及其制备方法
本发明提供了一种提高小球藻在养猪废水中生物量的方法,属于微生物应用领域。本发明将保藏编号为CGMCC NO.9225的小球藻与保藏编号为CGMCC NO.7724的类芽孢杆菌共培养于养猪废水中,结果发现类芽孢杆菌能够显著提高小球藻在养猪废水中的生物量,促进作用达1.6倍。本发明方法解决了养猪废水处理问题,降低环境污染,类芽孢杆菌的加入改善了养猪废水中水体微环境,显著提高小球藻生物量,降低了微藻生物柴油的生产成本,取得较好的经济效益,具有良好的市场应用前景。
中国农业大学 2021-04-11
精神分裂症治疗药物帕潘立酮的合成
帕潘立酮 (paliperidone) 是治疗精神分裂症药物,由强生公司开发,于2006年12月美国食品 药品管理局 (FDA) 批准上市。临床显示可有效延迟精神分裂症症状的复发率,用于精神分裂 症急性短期和长期维持性治疗,帮助病人减轻病症的程度,长期使用可有效稳定病人病情。 华东理工大学近年来开发成功帕潘立酮合成工艺,做到工艺简便、收率高。所开发的帕潘立酮合成路线,所有原材料都立足于国内,反应步骤简洁,操作简便,无昂 贵的辅助试剂,易于规模化生产。
华东理工大学 2021-04-11
CircDLGAP4在制备用于治疗脑卒中的药物中的应用
本发明公开了CircDLGAP4在制备用于治疗脑卒中的药物中的应用。本发明发现circDLGAP4上存在miR?143的特异性结合位点,能作为miR?143海绵在缺血性脑卒中发病过程中起到关键性的作用。在小鼠脑内过表达circDLGAP4可显著改善tMCAO模型造成的脑损伤:提高神经功能学评分、减小脑梗死面积和减轻血脑屏障损伤。本研究第一次系统阐述了circDLGAP4在脑卒中疾病中的作用机制,更让circDLGAP4有望成为临床上治疗急性缺血性脑卒中的新型生物标记物与分子治疗靶点。
东南大学 2021-04-11
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