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m6A修饰调控神经发育
轴突导向因子受体Robo3在调控轴突导向过程中发挥着重要作用。Robo3有两个选择性剪接体,Robo3.1和Robo3.2;它们分别在连合神经元穿越脊髓底板前和后的轴突中特异表达,从而分别控制轴突穿越底板。姬生健在美国工作期间参与的研究表明,Robo3.2可以在穿越后的轴突中局部翻译并受无义介导的RNA衰减(NMD)通路的调控(Colak, Ji et al., Cell)。 姬生健课题组接着对Robo3.1在连合神经元的穿越前轴突内高表达而在穿越后突触内消失这一现象进行了深入的机制研究。课题组首次发现Robo3.1蛋白质的半衰期非常短,其蛋白水平的维持需要持续性的翻译。接着,课题组发现Robo3.1的mRNA被m6A修饰,并可以和m6A阅读器蛋白YTHDF1结合。小鼠的体外和体内实验研究表明,Robo3.1的翻译受YTHDF1调控,从而控制连合神经元的轴突导向。
南方科技大学 2021-04-13
RNA修饰m6A去甲基酶FTO对多种RNA修饰底物的去甲基分子机理
   FTO对人体发育至关重要,FTO酶活功能的紊乱会影响发育和多种疾病的发生,包括肥胖和癌症等。N6-甲基腺嘌呤(m6A)作为mRNA上含量最为丰富的甲基化修饰,是首个被报道的FTO去甲基酶活生理底物。之后陆续报道FTO生理底物还包括mRNA上5’帽端后的N6,2'-O-二甲基化腺嘌呤(cap m6Am),snRNA的m6A和m6Am,tRNA的N1-甲基腺嘌呤(m1A),除此之外还有体外活性底物单链DNA上的N6-甲基脱氧腺嘌呤(6mA)和N3-甲基胸腺嘧啶(3mT)与单链RNA上的N3-甲基尿嘧啶(m3U)。FTO如何识别众多的核酸修饰碱基,是否有催化选择性,如何结合多种RNA,FTO为什么对cap m6Am的活性高于单链RNA上的m6A,及FTO为什么对单链RNA或DNA上的m1A没有活性却对tRNA或茎环结构上的m1A有活性?回答这些FTO的酶催化分子机制有待于蛋白-核酸复合物晶体结构的解析。然而FTO蛋白与核酸底物结合力太弱,致使获得FTO蛋白-核酸复合物晶体结构一直是该领域的挑战和难点。
北京大学 2021-04-11
细菌DNA硫化修饰研究新进展
上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室吴更教授与武汉大学王连荣、陈实教授团队合作,揭示了细菌DNA硫化修饰中催化第一步反应的半胱氨酸脱硫酶发生构象变化,使其活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动5.5埃以发起攻击的催化机制。最新研究成果以“Structural Analysis of an L-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System”为题发表在《mBio》杂志上。刘立琼等为第一作者,吴更、王连荣为通讯作者,上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室为第一单位。本文是团队自2018年Nature Communications上发表的细菌采用SBD结构域识别硫化修饰DNA的结构机理及2020年Nature Microbiology上发表的II型DNA硫化修饰系统的SspB、SspE晶体结构的延续和扩展。在细菌的DNA硫化修饰(不管是早先发现的Dnd修饰系统还是新近发现的Ssp修饰系统)途径中,都由一个半胱氨酸脱硫酶催化第一步的反应,即半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸对底物半胱氨酸上的硫原子发起亲核攻击反应,将活化的硫原子转移到半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸上,以进行后续的将硫原子加进DNA的反应。2020年4月初团队在Nature Microbiology上发表的文章“SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defense system with broad antiphage activities”,从探索海洋弧菌的高频单链磷硫酰化修饰入手,通过比较基因组学和分子遗传学手段,鉴定出以SspABCD为修饰元、SspE为限制元的单链磷硫酰化限制-修饰系统。该系统与之前发现的磷硫酰化(以DndABCDE为修饰元以产生双链DNA磷硫酰化、DndFGH为限制元)的Dnd系统均迥然不同,并首次阐明了细菌磷硫酰化限制-修饰系统赋予宿主抑制噬菌体入侵的能力。同时,通过结构生物学和生物化学手段,解析了SspB蛋白的晶体结构,揭示其两个保守motif的关键残基对其DNA缺刻酶活性非常重要;解析了SspE蛋白的晶体结构,发现其N端结构域有依赖于DNA磷硫酰化修饰的NTP水解酶活性,而其C端结构域有DNA缺刻酶活性,从而阐明了该系统DNA磷硫酰化修饰与限制两部分功能耦合的分子机理。研究还发现SspABCD作为修饰蛋白在宿主基因组DNA上产生磷硫酰化修饰,SspE作为限制元能够感应基因组DNA上的磷硫酰化修饰从而区别宿主自身与外源的遗传物质,并利用其核酸酶活性对入侵噬菌体的DNA进行大范围的缺刻,从而抑制噬菌体DNA的复制。本研究解析了新发现的II型DNA硫化修饰系统中的半胱氨酸脱硫酶SspA(来源于弧菌)与底物半胱氨酸的复合物晶体结构,分辨率为1.8埃。结构揭示SspA通过其天冬酰胺N150和精氨酸R340残基来识别底物半胱氨酸,如果将这两个残基突变则会严重破坏细菌的DNA硫化修饰。在结构中,SspA的活性位点半胱氨酸C314与底物半胱氨酸的距离长达8.9埃,这就产生了一个有趣的问题——SspA是怎么催化脱硫反应的?通过计算机分子动力学模拟,作者发现SspA的活性位点半胱氨酸C314在催化过程中向底物半胱氨酸移动了5.5埃,从而把它们之间的距离缩短到便于发生反应的范围内。本研究通过简正模式分析,发现弧菌的SspA、大肠杆菌的IscS、链霉菌的DndA(这两个都是I型DNA硫化修饰系统的)的活性位点半胱氨酸虽然处在不同的相对位置和不同的二级结构上,但都有着向各自的底物半胱氨酸的运动。本研究进一步通过在上海光源BL19U2生物小角X射线散射(简称SAXS)线站收集的数据,从头搭建了SspA在溶液中结构的分子模型。发现SspA在溶液中的结构与分子动力学模拟后SspA的结构更为接近,它们之间的SAXS数据的χ2偏差只有1.04埃,远低于从SspA的晶体结构推算出的SAXS数据之间的χ2偏差3.70埃。这从实验上证实了前述的计算机分子动力学模拟和简正模式分析的结果。弧菌SspA的活性位点半胱氨酸在催化过程中,活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动了5.5埃的距离(A)分子动力学模拟  (B)简正模式分析  (C)小角X射线散射实验数据与晶体结构经过分子动力学模拟后的结果和晶体结构的比较  本研究通过X射线晶体结构解析、分子动力学模拟、小角X射线散射等多种研究手段的结合,揭示了细菌DNA硫化修饰这一神奇现象中催化关键的第一步半胱氨酸底物脱硫反应的酶的催化机理,解答了半胱氨酸脱硫酶家族是如何克服活性位点半胱氨酸与底物半胱氨酸之间很长的距离这一长期悬而未决的问题,使人们对于细菌DNA硫化修饰的认识和理解又前进了一步。该研究获国家自然科学基金(31872627、31670106)的支持。​​​​
上海交通大学 2021-04-11
植物RNA化学修饰m6A
鉴定了拟南芥中的 m6A 去甲基酶 ALKBH10B ,发现 ALKBH10B 缺失会导致拟南芥显著的晚花表型, ALKBH10B 通过影响 FT , SPL3 和 SPL9 的甲基化水平调控拟南芥的成花诱导。不同的识别蛋白通过对 m6A 的结合,对 mRNA 的加工代谢产生不同的调控作用, 进而 影响细胞不同的生理功能。通过开发甲醛交联- 免疫共沉淀(Formaldehyde-crosslinking and immunoprecipitation, FA-CLIP) 技术,鉴定出全转录组水平的ECT2-mRNA 相互作用位点,揭示ECT2 主要结合mRNA 的 3' 非翻译区(3'UTR), 并且倾向于结合保守序列 URUAY (R=G>A, Y=U>A,  其中 UGUAY 序列 占 90% 以上 ) 。使用植物细胞核裂解液进行的体外酶活实验和凝胶迁移实验( EMSA )证明 UGUA 序列为 植物特有的m6A 保守序列,且UGUm6A 可以被ECT2 高特异性识别。亚细胞定位实验表明ECT2 蛋白分布于细胞核和细胞质,结合高通量测序数据分析,推测ECT2 具有双重功能,ECT2 可能在细胞核中通过结合甲基化的UGUA 调控pre-mRNA 的 3'UTR 加工,在细胞质中ECT2 促进mRNA 的稳定性。进一步机理研究发现影响表皮毛发育的三个基因ITB1, TTG1 及DIS2 的转录本可以被m6A 修饰且被ECT2 结合,在 ECT2 的T-DNA 插入突变体中,ITB1, TTG1 及DIS2 的mRNA 稳定性降低,mRNA 表达量水平降低,继而导致 ect2 突变体中表皮毛分叉数增多。
北京大学 2021-04-11
外周血游离DNA表观修饰检测试剂盒
当前肿瘤的检查手段1:发现---影像学(X光片,B超,CT,PET-CT,核磁)      优点:直观,定位      缺点:早期没有形成占位或占位很小则不能发现,大多数检测都有辐射  2:辅助---传统肿瘤标志物(NSE,CEA,SCC,CA199,CA125,C53,AFP,PSA等)      优点:基本无创,采样方便      缺点:敏感性较差(仅为50-60%)    3:确认---病理70-80%癌症发现时已是晚期,从发生到发现可达10年以上,而北京交通大学“外周血游离DNA表观修饰检测试剂盒”的发明,通过对外周血游离DNA表修修饰检测,可以提前发现肿瘤的发生。
北京交通大学 2021-04-13
过渡金属对贵金属团簇物性的修饰
项目简介: 贵金属团簇是一种山Au、Ag 等贵金属元素的几个至几十个原子形成的聚集体 , 由于 Au、Ag 等原子的化学 惰性, 使得它们具有良好的生物相容性, 被广
西华大学 2021-04-14
铝表面保护胶
一、  项目简介: 利用环氧丙烯酸酯以及其他助剂经特殊工艺加工制得。二、主要功能及技术指标: 本胶在UV下5秒内固化,其膜在90℃~180℃下弯曲不断裂,膜硬度为3H-4H,比进口胶好。三、市场分析及预测:       本产品可用于空调、灯和手机等外壳上铝材与铝合金得保护,用量巨大。产品生产中无“三废”,应用时无有机溶剂放出,使用安全。四、经济效益:       项目投资15万元(不含检测设备),需较多流动资金。毛利润50%~60%,按年产量1000吨计,毛利4000万/年。
武汉工程大学 2021-04-11
超表面透镜成像
电流变液在具有广泛的应用前景,但是目前的巨电流变液采用极性分子包覆的方法,寿命很短,无实 数值孔径是光学透镜最重要的基本参量,衡量着光学系统的收集光子能力。对于显微物镜,数值孔径 用价值。本项目已制备出纳米碳镶嵌在二氧化钛表面的颗粒,与硅油混合后得到屈服强度高、漏电流低、 越大,成像光斑越小,成像细节越清晰。常规油浸物镜由于采用了特殊的高折射率匹配液,在高分辨率成 寿命长、温度稳定性好的电流变液,达到实用的水平。计划扩大生产量,并将电流变液应用在阻尼器上, 像和浸润式光刻中更被广泛应用。超构表面结构是一种具有横向亚波长尺度的微纳光学结构,可以在不 实现实用化。
中山大学 2021-04-10
脂肪酸修饰的有机荧光染料生物探针
本发明提供一种脂肪酸修饰的有机荧光染料生物探针,该有机荧光染料生物探针是在有机荧光染料或量子点上连接脂肪酸形成的有机荧光染料探针或量子点探针。本发明的效果是该生物探针制备方法简单,对丝状菌细胞具有较好的标记靶向性,为标记丝状菌细胞进行污泥膨胀的预警研究提供方便。在标记过程中增加了生物探针与丝状菌细胞的生物相容性。该生物探针对丝状菌的毒性低,灵敏度高,使用量少。
天津城建大学 2021-01-12
钢轨表面擦伤检测系统
本系统是在国家863计划资助下,由铁道科学研究院和北京交通大学联合研制的高速智能检测系统。该系统由高速采集子系统,卷宗存储子系统和智能识别子系统三部分组成。      1.高速采集子系统通过高速线阵扫描相机和光电编码器实现等距离、无遗漏和无叠加的钢轨表面图像获取;      2.卷宗存储子系统 实现检测线路海量多源信息(视频、里程和GPS等信息)的单一文件存储,并提供实时的视频检索功能;      3.智能识别子系统 应用先进的图像处理和模式识别技术实时检测钢轨表面擦伤。系统特点:       面向高速铁路的钢轨表面擦伤检测系统具有如下显着特点:      1.速度快,理论上检测列车运行速度在 260km/h条件下可以实现实时检测;      2.准确率高,在实验条件下,漏检率小于3%;      3.鲁棒性强,在不同天气条件下本系统能保持高性能稳定工作。
北京交通大学 2021-04-13
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