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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题 癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一,基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性,对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义,而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析,还面临很多挑战。 肿瘤样本具有其独有的特点,在样本制备和单细胞分离过程中,其细胞应激反应大、坏死细胞多,为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战; 肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题,比如复杂的微环境和高度的异质性,而如何充分考虑这些难点,并从信息学的视角进行深入研究,有待建立全面、自动的分析框架; 肿瘤单细胞数据的分析,对科研人员的编程能力和分析经验要求很高,亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛,提高研究的效率。 2.解决方案 本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括: 1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题,提出了全面、精细的数据质量控制方案; 2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程(数据标准化、降维、聚类、差异表达分析); 3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法; 4)从重要表型(细胞周期、干性)、基因集(已知的和潜在的)两方面深度解析了肿瘤内部的异质性; 5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法; 6)构建了自动化、智能化分析的软件平台,能够自动生成全面、直观的分析报告。 基于本项成果产生的产品、服务或解决方案: 1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer; 2)针对软件使用和分析结果解读的服务; 3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。 3、合作需求 团队要求:合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验,能为本项目的应用与落地提供条件; 资金需求:合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学 2022-08-30
β-咔啉类生物碱及其在制备抗肿瘤药物中的应用
细胞周期蛋白依赖性激酶(CDKs)是一类丝氨酸(Ser)/苏氨酸(Thr) 激酶,其分子量约为 35-40kD,最早发现于裂殖酵母菌和栗酒酵母菌, 其中基因序列的同源性超过 40%并被命名为 Cdc28 和 Cdc2。在哺乳 动物中,已发现 10 个成员,Cdc2(CDK1),CDK2-10。CDKs 在细胞 周期调控网络中处于中心地位。普遍认为 CDKs 中的 CDK2、CDK4 和 CDK6 与肿瘤发生密切相关,在肿瘤细胞中常
兰州大学 2021-04-14
一种抑制 ras 原癌基因过表达的抗肿瘤药物
生脉散是中医千古名方,首载于金代医家张元素所著《医学启 源·卷下》―麦门冬‖条内;内外伤辨惑论及医方考中也有记载。由 人 参、麦冬、五味子组成,意在取―人参之甘补气,麦门(即麦冬) 苦寒 泻热补水之源,五味子之酸清肃燥金‖。 生脉散最早用于治疗暑热汗多,气阴两伤之证,表现为汗多、身 疲、体倦、气短、咽干、脉虚等症状。古代医家也用于金叶耗伤,脉 微欲绝等症状,又用作气阴两虚病人的补益剂。此方经过几百年的长
兰州大学 2021-04-14
西安交大科研人员在肿瘤药物研究方面取得新进展
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是最常见的原发性肝脏恶性肿瘤,其发病率高且极易转移复发,严重影响人类健康。传统药物治疗存在毒副作用大、多药耐药等问题,因此亟需寻找新的作用靶点和药物。研究发现,多形性腺瘤基因样蛋白2(pleomorphic adenoma gene like-2,PLAGL2)与肿瘤侵袭转移、耐药以及不良预后等密切相关。
西安交通大学 2021-09-23
武汉大学研发出防治心律失常“黑科技”
开拓创新·高校科技创新成果展
中国高等教育学会 2022-09-27
一株芽孢杆菌发酵提取物在防治植物病虫害中的应用
本发明公开了Bacillus horneckiae DSM23495发酵提取物在防治植物病害与甜菜夜蛾中的应用,属于微生物农药领域。所述菌株保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心,保藏编号为CGMCC No.13551。所述Bacillus horneckiae DSM23495发酵提取物经培养基摇床发酵,乙酸乙酯萃取,硅胶柱层析得到,对番茄灰霉病菌、棉花枯萎病菌、苹果腐烂病菌与白菜黑斑病菌等植物病害具有较好的抑制活性,最小抑制浓度(MIC)分别为4、8、8与10μg/mL;此外,对甜菜夜蛾也具有较好的杀虫活性,0.4 mg/mL浓度,抑制取食率达86.1±2.2%。因此,Bacillus horneckiae DSM23495发酵提取物可用于制备防治植物病害与甜菜夜蛾的微生物农药,相比化学合成农药,不易产生抗药性且环境兼容性好,具有较好的应用前景。
青岛农业大学 2021-04-13
工厂化繁育寄生蜂技术——利用肿腿蜂防治林木、果树蛀干害虫
一、成果简介 本项目的利用价格低廉、方便易得的中间寄主大批量、工厂化地繁育商品寄生蜂,建立起国内第一家生产这类寄生蜂的“天敌工厂”。在人工控制条件下,根据各地的防治需要按时、按量地大批繁蜂,实现寄生蜂的商品化生产,以此来更多的满足国内外害虫防治的需要。这项技术能够保证常年生产,而且设备简单,生产效率高,产品的成本比较低,肿腿蜂寄生的害虫种类很多,根据国内外资料初步统计有鳞翅目、鞘翅目、膜翅目3个目22科50余种昆虫,其中天牛类寄主占20余种。
中国农业大学 2021-04-14
抗肿瘤药物伊马替尼与尼洛替尼新工艺
伊马替尼是瑞士诺华公司研发的一种酪氨酸激酶抑制剂类抗肿瘤药物,于2001年5月获得 美国食品与药品管理局 (FDA) 的批准上市,用于治疗慢性骨髓性白血病,又于2002年2月被批 准用于治疗胃肠道间质细胞肿瘤,具有起效迅速、转移性强、副作用小等优点,其专利化合物 专利近年到期,国内多家企业仿制上市。 尼洛替尼是瑞士诺华公司开发的第二代具有高度选择性的酪氨酸激酶抑制剂,用于对既往 治疗(包括伊马替尼治疗)耐药与不耐受的费城染色体阳性慢性髓性白血病慢性期或加速期的成 人患者,治疗范围更广,疗效更佳,目前国内多个企业酝酿尼洛替尼的仿制工作。 达沙替尼由百时美施贵宝公司研发,2006年2月在美国首次上市。是首个批准上市的口服 多重酪氨酸激酶抑制剂,用于对既往治疗失败或不耐受的成人各阶段慢性髓细胞样白血病,也 可用于治疗对其他疗法耐药或不耐受的费城染色体阳性急性淋巴细胞性白血病成年患者。目前 国内多个企业进行达沙替尼的仿制工作。 
华东理工大学 2021-04-11
血液中肿瘤标志物MicroRNA 的富集及高灵敏度检测
MicroRNA (miRNA) 是一种新型的肿瘤标志物,定量检测血液中的miRNA的表达水平,可 以为肿瘤早期诊断、预后判断以及药物选择、疗效检测提供宝贵的参考信息。 本项目以血液中miRNA的高灵敏检测为目标,建立不同亚群miRNA (包括囊泡包裹形式、 蛋白复合体形式等) 提取、富集纯化技术,结合纳米技术、酶催化及生物分子工程技术,建立 了多种高灵敏检测miRNA新方法,为肿瘤早期诊断提供一种敏感、特异、简单的非损伤性技 术手段。 本项目的实施能够形成可推广应用的血液中miRNA高灵敏检测试剂盒,应用于肿瘤早期 诊断的实用技术。开发这一技术将可检出早期癌症,使全国每年近百万的癌症患者提高存活 率,有显著的社会效益及经济效益。
华东理工大学 2021-04-11
一种适用于循环肿瘤细胞捕获的微流控芯片
癌症从发生到临床发现往往需要10年的时间,癌症治疗的根本途径是早期发现或者对已转移瘤能有效治疗。循环肿瘤细胞(circulatingtumor cells, CTC)是指从原位瘤脱落下来进入到循环系统尤其是血液中的肿瘤细胞。作为液态活检核心靶标的CTC,不仅可用于癌症转移前的早期筛查,而且在临床肿瘤的分期、预后、特异性药物筛选、疗效检测、治疗和复发监测等方面都具有极其重要的临床应用价值。然而由于CTC在血液中数量极其稀少(约1-100个/mL),其高效高准确捕获一直是科学前沿难题和临床应用的关键障碍。 现有的CTC检测方法仍存在较大的局限,包括检测准确度不足、成本高、效率低、时间长以及检测条件苛刻等。本项目提出的新型微流控芯片设计,将基于流线的降速结构和基于过滤的捕获结构有机整合,实现了CTC特异性的汇聚和保留,同时将部分白细胞和红细胞分流到出口。每经过一个这样的降速结构,CTC就被浓缩一次,白细胞和红细胞被分走一部分。更重要的是,每一个单元液流速度均得到了显著下降(变为原来的1/2)。经过多组这样的降速结构,液流流入捕获结构,此时流速已经非常缓慢,利用CTC和其他血细胞的尺寸和形变差异,通过三棱柱阵列能实现CTC的高效捕获。总体来说,本项目所提出的微流控芯片能在很大流速范围内(5-40 mL/h)都实现高捕获效率(高达94.8%)。此外,芯片上捕获到的CTC的纯度也较高(高达4log白细胞去除率)。临床癌症患者患者双盲测试结果详实准确率达到100%。运用本项目中的微流控芯片,将实验室培养的宫颈癌HeLa细胞掺杂到健康血液中,以模拟癌症患者血液,在很大流速范围内(5-40 mL/h)都能实现高捕获效率(高达94.8%)。同时,为了证明此微流控芯片的普适性,测试了四种实验室细胞系,包括乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231,宫颈癌细胞系HeLa和肺癌细胞系NCl-H226,捕获效率均稳定在91.3%以上。此外,也设置了不同的癌细胞密度以模拟实际的癌症患者血液,捕获效率近似为96.2%。随后,将本项目应用于临床,对11例癌症患者血液中的CTC进行检测,检出率高达100%,CTC个数从6-117个/mL不等,平均值31个/mL,中位数25个/mL。这些研究表明本项目中的微流控芯片能实现癌症患者的早期检测。本项目实现对癌症患者血液中的循环肿瘤细胞的单细胞灵敏度和高特异性的的捕获,由于其成本低,方便快速,效率高,对操作条件不敏感等,因而非常适合大规模应用于临床,实现癌症的早期诊断、实时动态监测和阻断转移等效果。
北京大学 2021-04-11
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