2020年3月3日，浙江大学在bioRxiv 预印本平台上传了题为Multi-epitopevaccine design using an immunoinformaticsapproach for 2019 novelcoronavirus in China (SARS-CoV-2)的研究成果。该研究基于可用病毒基因组数据进行计算机模拟，以鉴定B细胞抗原决定簇和人白细胞抗原HLA限制性T细胞抗原决定簇。在鉴定出的61个B细胞表位中19个具有较高潜在的免疫原性，可用于疫苗设计。预测有499个T细胞表位和中国人群中34个较普遍的HLA等位基因具有亲和力。点击查看原文

2020年3月8日，福建师范大学在bioRxiv上上传了一篇题为 Cryo-electron microscopy structure of the SADS-CoV spike glycoprotein provides insights into an evolution of unique coronavirus spike proteins 的研究，识别了SARS-CoV-2的S蛋白的低温-EM的融合前结构，分辨率为3.55埃。

2020年2月12日，武汉大学张元珍，侯炜及北京大学杨慧霞共同通讯在国际顶级医学期刊Lancet 在线发表题为“Clinical characteristics and intrauterine vertical transmission potential of COVID-19 infection in nine pregnant women: a retrospective review of medical records”的研究成果，该研究成果回顾性分析了9名孕妇在实验室确认的COVID-19肺炎（即，孕妇咽拭子样本中检出的严重急性呼吸综合征冠状病毒2 [SARS-CoV-2]为阳性）的临床记录，实验室结果和胸部CT扫描 ），于2020年1月20日至1月31日在武汉大学中南医院收治。通过检测羊水，脐带血中SARS-CoV-2的存在来评估宫内垂直传播的证据。 该研究表明在孕妇中COVID-19肺炎的临床特征与发生COVID-19肺炎的非妊娠成年患者的报道相似。从这一小组病例中发现的研究结果表明，目前尚无证据表明妊娠晚期发生COVID-19肺炎的妇女由垂直传播引起的宫内感染。

2020年3月5日，浙江大学、中山大学和圣路易斯大学合作，在medRxiv上上传了题为Genomic variations of SARS-CoV-2 suggest multiple outbreak sources of transmission 的研究成果成果，共分析了169个SARS-CoV-2基因组，发现根据突变位点（以MN938384.1为基准点的8750,、28112和 29063三个位点）主要可以分为两个类型，I型和II型。在29063位点的基础上，I型可以进一步分为IA 型和 IB 型。遗传学分析表明，IA型最可能是祖先型，II型可能由I型进化而来，在感染中占主导地位。结果表明，II型可能是SARS-CoV-2在武汉华南市场疫情的源头，而I型引起的疫情应该发生在其他地方，因为患者与市场没有直接联系。此外，通过分析三个基因组位点，区分I型和II型毒株，作者发现三个位点中的两个位点的同义变化比I型毒株具有更高的蛋白质转化效率，这或许可以解释为什么II型占主导地位，这意味着II型比I型更具传染性（可传播）。这些发现对目前的流行病预防和控制可能很有价值。点击查看原文

2020年3月5日，东北师范大学在bioRxiv上上传了一篇Strong evolutionary convergence of receptor-binding protein spike between COVID-19 and SARS-related coronaviruses的研究，该研究发现SARS-CoV-2和SARS-CoV存在远缘关系，但两者都能够通过同一受体ACE2感染人类宿主，并引起相似的临床和病理特征，表明S蛋白可能存在趋同进化。然而，其趋同的分子基础仍不得而知。本研究中使用最近开发的分子植物生态学方法来研究趋同的分子基础。分析表明，S蛋白在SARS-CoV-2和SARS-CoV相关分支沿线经历了大量有意义的达尔文选择。进一步研究显示，SARS-CoV-2和SARSr-CoV类之间S蛋白的受体结合域（RBD）中趋同进化的氨基酸位点比例异常高，导致RBD序列在系统发生上的联合。除了S蛋白，作者还发现其伙伴蛋白ORF3a的趋同进化。结果表明，SARS-CoV-2与SARSr-CoV之间具有很强的适应性趋同进化，可能促进它们对类似或相同受体的适应性。最后，作者指出，许多观察到的蝙蝠SARS-like-CoVs与SARS-CoV-2和SARS-CoV的S蛋白的RBD序列存在趋同进化，可能预先适应人类宿主受体ACE2，因此将是潜在的新的冠状病毒来源。

2020年3月17，复旦大学赵冰、张荣、林鑫华，中国医学科学院基础医学研究所梁俊波合作在生物预印本平台bioRxiv上发表研究成果“Recapitulation of SARS-CoV-2 Infection and Cholangiocyte Damage with Human Liver Organoids”，建立了人源类器官的SARS-COV-2感染模型，确定SARS-COV-2可以感染胆管细胞，并下调胆管组织中细胞紧密连接及胆汁酸转运相关基因的表达，为新冠病毒细胞嗜性、致病机制研究和后续药物研发提供重要工具，并提示胆管功能紊乱可能是部分新型冠状病毒感染者肝脏损伤的诱因。在本项研究中，研究者应用人源肝脏类器官建立SARS-CoV-2感染模型，并研究其感染和损伤胆管组织的机制。人源类器官是由人体组织体外3D培养产生的，结构功能与体内组织器官高度相似的微型器官，可于体外模拟体内生理病理过程中的组织细胞行为。 研究者从临床肝脏手术中分离获取人胆管细胞，培育出可稳定传代的肝脏胆管类器官，应用单细胞RNA测序(scRNA-seq)对类器官中胆管细胞进行了转录组分析，发现长期培养的肝脏胆管类器官保存了ACE2+的胆管细胞类群，而此细胞类群在小鼠肝脏胆管类器官中并未发现。提示人肝脏胆管类器官可以模拟ACE2介导的SARS-CoV-2感染。接下来，研究者检测了类器官对SARS-CoV-2的易感性。研究者从上海一位COVID-19患者中分离并纯化了SARS-CoV-2病毒，接种感染来不同个体的胆管类器官。感染24小时后对类器官进行免疫荧光染色发现，SARS-CoV-2的核衣壳蛋白（N protein）在部分类器官胆管细胞中呈阳性，而未感染对照组无信号，显示病毒已经成功侵染并复制，受感染的胆管细胞还会经膜融合形成合胞体。对SARS-CoV-2基因组RNA的qRT-PCR分析显示，在感染后24小时类器官内的病毒载量显著增加。这些数据表明，人胆管上皮细胞是SARS-CoV-2的易感宿主，并可支持病毒的活跃复制，人源类器官可作为研究病毒嗜性和致病机制的工具。感染48小时后，类器官内的病毒载量明显下降，提示SARS-CoV-2感染可能导致宿主细胞死亡或抗病毒反应的激活。研究者进而关注和检测了病毒感染对类器官整体行为特性的影响。在体内稳态条件下，胆管的主要功能是将肝实质细胞分泌的胆汁酸转运到胆管腔内排出。胆管细胞之间的紧密连接维持了胆管上皮的屏障功能，对胆汁酸的收集和排泄至关重要。研究者发现SARS-CoV-2感染降低了类器官中Claudin1的表达，提示胆管细胞的屏障功能可能被破坏。更重要的是，两个主要的胆汁酸转运蛋白，顶端钠离子/胆汁酸转运体(ASBT)和囊性纤维化跨膜电导调节(CFTR)的表达在SARS-CoV-2感染后显著下调。这些数据支持SARS-CoV-2感染可以通过下调胆管细胞中紧密连接形成和胆汁酸运输关键基因的表达水平，损伤胆管组织屏障和胆汁酸运输功能。提出COVID-19患者肝内病毒感染诱发胆管功能紊乱和胆汁积淤，进而导致肝脏损伤的可能性。新型冠状病毒（SARS-COV-2）感染和损伤肝脏中胆管上皮细胞

2020年3月14日，空军军医大学陈志南，朱平及边惠洁共同通讯在预印版平台bioRxiv 在线发表未经同行评审的题为“SARS-CoV-2 invades host cells via a novel route: CD147-spike protein”的研究成果，该研究发现SARS-CoV-2通过CD147的新途径侵入宿主细胞：S蛋白与宿主细胞上的受体CD147结合，从而介导病毒入侵。因此，针对侵袭SARS-CoV-2宿主细胞的新途径CD147-S蛋白的发现为特定抗病毒药物的开发提供了关键目标。   首先，体外抗病毒试验表明，抗CD147人源化抗体Meplazumab可显著抑制病毒入侵宿主细胞，EC50为24.86μg/ mL，IC50为15.16μg/ mL；其次，该研究ELISA也证实了这两种蛋白的结合；最后，通过免疫电子显微镜观察到SARS-CoV-2感染的Vero E6细胞中CD147和S蛋白的定位。因此，针对侵袭SARS-CoV-2宿主细胞的新途径CD147-S蛋白的发现为特定抗病毒药物的开发提供了关键目标。

2020年3月5日，苏州大学在preprints网站上上传了一篇题为 Susceptibility Analysis of COVID-19 in Smokers Based on ACE2的研究，在公共数据库下载了三个数据集（GSE994、GSE17913和GSE18344）。利用相关性和分析对ACE2的功能进行评价。同时，分析了ACE2在三个数据集的不同组中的不同表达。结果表明，与ACE2相关的基因在病毒感染过程和免疫反应等重要生物过程中富集，且ACE2高表达于吸烟者的肺内气道（GSE994）和口腔上皮细胞（GSE17913），非吸烟者则表达不高。在小鼠肺组织中观察到吸烟和ACE2表达之间呈明显的剂量和时间依赖关系，并且长时间不吸烟可显著减少ACE2表达。该研究通过分析人和大鼠的ACE2表达情况，暗示吸烟可诱导呼吸道中ACE2增加，表明吸烟者可能对SARS-CoV-2的易感性较高。

2020年3月8日，安徽师范大学在bioRxiv上上传了一篇题为Genome-widedata inferring the evolution and population demography of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) 的研究分析，作者使用10个新测序的SARS-CoV-2基因组，并结合GISAID数据库中的136个基因组，通过不同的分析方法（如EBSP、错配和中性检测等）研究前三个月数据的遗传变异和统计。 结果显示80个单倍型共有183个突变位点，包括27个简约性信息位点和156个单一位点。对遗传多样性的滑动窗口分析表明，SARS-CoV-2基因组丰度的变化有一定范围，这可以解释目前这种病毒的广泛和高适应性。遗传学分析不支持穿山甲是中间宿主。在最初的单倍型（H14）中，一个患者样本居住在华南海鲜市场附近（约2公里），这表明患者有无意识接触该市场史的可能性很高。然而，基于这个线索，也无法准确断定这个市场是否是SARS-CoV-2的起源中心。此外，从这个市场收集的16个基因组，包含10个单倍型，表明市场在短期内出现循环感染，这可能导致武汉和其他地区爆发SARS-CoV-2。EBSP结果显示，第一个估计的扩展日期从2019年12月7日开始，这表明SARS-CoV-2的传染可能在11月中下旬开始。

项目成果/简介:云南大学省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室张志刚团队于2020年2月2日开始对之前发表的马来穿山甲病毒组学数据(该数据由2019年3月24日无法救护成功的穿山甲肺的样本获取)（Liu et al. 2019, Viruses 11, 979）进行重新组装和全面系统地分析，发现这批马来穿山甲携带SARS-CoV-2相近的冠状病毒（命名为Pangolin-CoV），其与SARS-C