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一种新的录组测序快速建库方法
基于SHERRY方法的转录组测序建库流程如图1所示，样本可以来自裂解的单细胞或bulk RNA；RNA分子经过oligo-dT 引物的反转录后，RNA/DNA杂合链可直接被Tn5转座酶打断（图中灰色的波浪线及直线分别代表RNA及DNA分子）；在Tagmentation之后，转座酶会在杂合链两端加上adaptor接头，进行之后的建库PCR扩增。 基于100pg的RNA起始量，SHERRY表现出了高的read匹配率，同时可检测出近9000个基因，其中72%的基因可在三个重复样本中检测出，可重复性较好。与目前普遍应用于单细胞转录组测序的Smart-seq2技术相比，SHERRY与其建库质量不相上下，并且具较低的GC bias。此外，SHERRY整个流程仅需要5个步骤，且可在一个管子中完成，整个时间仅约4小时，其中手工操作时间不到半小时。相比之下，Smart-seq2整个耗时约为SHERRY二倍的时间，且需要一些前处理等操作；此外，包含十个步骤的NEBNext方法则需要更加多的实验室操作和时间成本。值得一提的是，在成本方面，SHERRY方法仅为其他两种方法的五分之一，将大大节省实验成本。
北京大学
2021-04-10
揭示RNA编辑核心蛋白ADAR全转录组RNA底物特征
开发了一个高效的捕获RNA结合蛋白双链RNA底物的建库测序技术（irCLASH）以及后续的一整套生物信息学分析方法；首次在转录组水平上系统地绘制了人类ADAR蛋白的内源双链RNA底物图谱；揭示了决定ADAR结合效率和编辑效率的底物特征和ADAR结合长双链RNA的体内模型。 该研究利用irCLASH技术系统构建和分析了人类ADAR1、ADAR2及ADAR3的双链RNA底物图谱，发现与之前根据计算推导的研究设想不同，ADAR具有大量的、长距离的双链RNA底物。该研究发现不完全互补配对的底物与ADAR蛋白也有很好的亲和度，特别是ADAR2家族成员。研究还进一步揭示了决定ADAR结合效率和编辑效率的底物特征。irCLASH测序技术及后续的整套生物信息学分析方法的开发为研究双链RNA结合蛋白的内源底物提供了新的工具。同时，该研究揭示的ADAR与底物相互作用及催化特性为研究人员开发高效的RNA编辑工具提供了资源宝库及改进方向。
中山大学
2021-04-13
基于细长反应腔的全基因组扩增方法
本发明提出了一种基于细长反应腔的全基因组扩增方法，其特征在于将多重链置换扩增反应体系注入细长型的反应腔中，完成对目标基因组的全基因组扩增。细长形的反应腔体将多重链置换扩增反应体系相对分隔于一个细长的反应腔中，各微观反应单元之间的物质交换和相互影响大为减少，因此各微观反应单元以一个相对独立的状态发生反应，目标核酸各个片段之间的扩增一致性得到很大提升。同时，基于细长反应腔的多重链置换扩增，不需要预先制备微液滴发生装置或复杂反应微腔，并且在系统调试和扩增反应的过程中，不需要对微量液体进行精密和复杂的控制，
东南大学
2021-01-12
阐明了红树基因组水平的趋同进化机制
红树植物是生长在海岸潮间带环境的木本植物，包含了不同分类类群的数十个物种，是研究适应性趋同进化的极佳对象。课题组选择了三个主要的红树植物类群共16种代表性的红树物种，进行了全基因组或转录组测序组装，在全基因组水平检测趋同进化。通过系统发育分析发现三个红树植物类群起源的时间十分接近，共同经历了历史上海平面的升降，并逐步适应潮间带环境。论文进一步发展了准确估计分子水平趋同进化的方法，以陆生植物为对照，通过检测趋同氨基酸替代的方法，成功收集到70多个在红树植物中趋同进化的基因。此外还发现红树植物更多的趋同进化发生在氨基酸组成和氨基酸替代模式的改变。相比于陆生植物，红树植物趋同地改变了9种氨基酸的使用频率，更多地发生了平常少见的氨基酸替代模式。这种氨基酸组成的趋同进化有助于红树植物适应高盐、动荡且营养贫瘠的海岸潮间带环境。这项研究通过合适的物种选取、大量的基因组数据和完备的对照组设置，首次真正在基因组水平上准确地检测出趋同氨基酸替代位点。
中山大学
2021-04-13
大数据挖掘在植物表观遗传组学中的应用
近年随着测序技术的不断完善，生物领域积累了大量基因组、转录组、表观组学数据。怎样有效利用这些数据挖掘生物学新知识，是研究工作者在大数据时代面临的挑战。该研究以DNA甲基化测序数据入手，探索了大数据挖掘揭示生物学新知识的研究之路。翟继先课题组重新分析了公共数据库中来自不同实验室的约500余组Col-0型拟南芥DNA甲基化数据：通过比较单个突变体和多个野生型，鉴定了每个突变体中高置信度的DNA甲基化差异区域，进而分析了不同突变体间DNA甲基化差异区域的重合度，揭示控制DNA甲基化相关基因之间的联系。
南方科技大学
2021-04-13
整合蛋白质组学助力“癌症之王”的精准诊疗
揭示了LIF在胰腺肿瘤发生中的重要生物学功能，并且表明其成为有效的治疗靶标以及肿瘤诊断标志物的光明前景。基于该项研究所开发的整合蛋白质组学分析策略，为更好地理解肿瘤微环境中的细胞间信号转导网络提供了新颖的系统水平研究工具，为探寻胰腺癌治疗和诊断的分子靶标提供了重要可靠的线索。 基于本研究发现的LIF在胰腺癌中的关键性作用，加拿大Northern Biologics公司将胰腺癌纳入其anti-LIF·I期临床试验中，并将胰腺癌作为重点适用病症进行测试。 田瑞军课题组在过去五年时间里，开发了一系列新的生物质谱和蛋白质组学分析新策略（PNAS, 2015, 112, E1594; PNAS, 2018, 115, E8863; Anal. Chem., 2018, 90, 5879; Anal. Chem., 2018, 90, 12574; Anal. Chem., 2017, 89, 9407; Anal. Chem., 2016, 88, 4864），并在创新药物发现、癌症靶点和标志物开发、肠道微菌群宏蛋白质组分析和干细胞蛋白质组分析等方面实现了系统地应用。
南方科技大学
2021-04-13
The EMBO Journal刊发郁飞教授课题组新成果
揭示了拟南芥转录因子AUXIN RESPONSE FACTOR 2（ARF2）和PHYTOCHROME-INTERACTING FACTOR 5（PIF5）（以及PIF4）直接互作，控制植物ABS3介导衰老途径的转录重编程的分子范式。
西北农林科技大学
2022-10-13
一种激光器组的控制方法及其系统
一种激光器组的控制方法及其系统，属于外差干涉测量领域， 解决现有多台激光器构成的外差式干涉仪中激光束差频与功率不稳定 的问题，使激光器间的差频维持稳定的同时抑制激光器功率衰减，从 而提高测量设备性能。本发明的控制方法，包括初始化步骤、实时检 测步骤、稳频控制步骤和功率控制步骤；本发明的控制系统，相应包 括初始化模块、实时检测模块、稳频控制模块和功率控制模块。本发 明能够实现实时频率反馈控制，使激光器间的差频维持稳定的同时抑 制激光器功率衰减，以满足高时间精度的测量需求；所涉及的装置结 构简单，确保了
华中科技大学
2021-04-14
癌细胞简化自身基因组冗余序列以便快速增殖
核糖体DNA编码核糖体的关键组分-核糖体RNA，对蛋白质翻译和细胞增殖具有重要的作用。然而，核糖体DNA的拷贝数在人类基因组中是易变的，由于技术手段的限制，人们对哺乳动物细胞如何维持和控制核糖体DNA的拷贝数和稳定性所知甚少。本研究应用计算生物学和数字微滴式PCR（Droplet digital PCR）方法分析了正常和癌症状态下，人类和小鼠基因组中核糖体DNA的拷贝数和序列变异情况。发现人类癌症基因组中核糖体DNA拷贝数出乎意料地显著减少，并伴随许多其他基因拷贝数的变异。此外，癌症基因组的核糖体DNA序列也更易发生突变。 根据文献证据的提示，研究团队进一步探讨了癌症模型中mTOR（哺乳动物雷帕霉素靶蛋白，mammalian target of rapamycin）功能与核糖体DNA拷贝数减少的关系。发现Pten基因（mTOR信号通路的负调控因子）敲除的白血病小鼠模型中，癌症造血干细胞早期就出现核糖体DNA拷贝数的减少，但其细胞增殖、核糖体RNA合成和蛋白翻译水平等均显著提高。说明核糖体DNA拷贝数丢失是mTOR通路过表达的癌症的一种常见特征。这一研究结果提示，测定核糖体DNA拷贝数，可成为预测癌症对DNA损伤药物敏感性的一个简单而有效的新指标。
中山大学
2021-04-13
一种便于清粪的幼貂饲养笼组
本实用新型公开了一种便于清粪的幼貂饲养笼组，包括底座和笼体,所述笼体为等腰梯形体结构，底座包括一侧带有缺口的环形固定框，固定框内设有呈水平放射状的支撑架，笼体放置在支撑架上。所述支撑架的中心位置设置有曲柄摇杆机构，曲柄摇杆机构的输出轴上套有毛刷滚筒，毛刷滚筒位于支撑架下方的固定框内，摇动曲柄摇杆机构带动毛刷滚筒在固定框的底板上转动，将落入至固定框底部的幼貂粪便收集到固定框缺口处放置的粪便收集盒内。本笼组通过曲柄摇杆机构带动毛刷滚筒转动，将落入在底座内的幼貂粪便收集到底座一侧的粪便收集盒内，操作简单，便于饲养员清理幼貂粪便。
青岛农业大学
2021-04-13